Rhizosphère, mycorhizes et sols suppressifs

Les plantes hébergent un très grand nombre d’organismes à l’intérieur ou à la surface des tissus. Ces organismes forment le microbiote de la plante. Certains micro-organismes dénommés endophytes (qui vivent dans une plante durant au moins une partie de son existence) dont certains prospèrent dans la sphère des racines, ont une importance majeure pour les plantes. Les connaissances sur leur diversité et leurs fonctions écologiques restent encore lacunaires. Les populations épiphytes vivent sur la surface ou à proximité des racines. La rhizosphère désigne la zone où les micro-organismes du sol sont le plus concentrés spécifiquement influencés par le système racinaire avec un niveau de diversité taxonomique élevé.

La phyllosphère abrite les micro-organismes qui vivent sur une plante au-dessus du sol. Si les ressources nutritives à la surface des feuilles sont limitées, on estime que le microbiote épiphyte a son importance dans la protection des plantes contre les maladies foliaires.

Les endophytes ont été découverts récemment alors qu’ils sont omniprésents chez les végétaux. On estime que la plupart des végétaux vivent en symbiose avec des endophytes qui leur procurent différents services liés à l’assimilation de nutriments et leurs capacités à se défendre contre des bioagresseurs et même des stress physiques (comme des périodes de sécheresse).